Esta secretaría científica esta dedicada a la organización y coordinación de la actividad científica general del Instituto, el diseño del Simposio Anual y otras jornadas.
Desarrolla sus actividades a través de tres áreas: Niños y Adolescentes, Adultos y Adultos mayores y Grupos, Pareja y Familia donde se conforman talleres y grupos de investigación.

Sus objetivos generales son:

•  Promover la reflexión acerca de la clínica con pacientes con  patología somática
•  Fomentar la profundización de las teorías discutiendo en un ámbito  pluralista las distintas convergencias y divergencias
•  Crear espacios para el trabajo interdisciplinario y el intercambio  institucional
•  Estimular la investigación científica y la elaboración y publicación de  trabajos científicos